View Full Version : Heilige graal: laat uw HELE genoom sequencen.
Whole Genome Sequencing Costs Continue to Drop
by Dr. Hsien-Hsien Lei
One of the cheapest going prices for whole human genome sequencing has been set by Illumina at $100,000 with completion time of less than four weeks. Last year, 454 Life Sciences claimed a complete sequence in two months at around $1 million. Regardless, the big race now is towards the $1,000 genome.
February 11, 2008
Uit: Artikel (http://www.eyeondna.com/2008/02/11/whole-genome-sequencing-costs-continue-to-drop/)
http://www.vicepresidents.com/files/u29/holy_grail_0.jpg
Wat zou het nut daarvan zijn?
Wat zou het nut daarvan zijn?
Craig Venter heeft zijn genoom al op zak.
USB-stickje ;-)
Voorlopig is het nut vrij beperkt.
Maar, wet van Moore, iedere 18 maanden verdubbelt de technische vooruitgang.
==> Exponentiëel proces.
Ik zou de informatie van mijn genoom toch niet graag zomaar laten samplen door types �* la Venter.
Die kerel verkoopt die informatie door aan verzekeringsmaatschappijen.
netslet
27 mei 2008, 19:46
Voorlopig is het nut vrij beperkt.
Maar, wet van Moore, iedere 18 maanden verdubbelt de technische vooruitgang.
==> Exponentiëel proces.
Dat is niet de wet van Moore. Moore had het oorspronkelijk over het aantal transistors dat voor een redelijke kost op een IC'tje kon geplaatst worden.
Je doelt hoogstwaarschijnlijk op de extrapolatie van die 'wet' door Ray Kurzweil.
Dat is niet de wet van Moore. Moore had het oorspronkelijk over het aantal transistors dat voor een redelijke kost op een IC'tje kon geplaatst worden.
Je doelt hoogstwaarschijnlijk op de extrapolatie van die 'wet' door Ray Kurzweil.
Kurzweil’s hypothesis
Kurzweil (1999; 2001) has proposed that technical progress can be characterized as accelerating exponential development. According to Kurzweil’s “law of accelerating returns,” technical change is generated in an evolutionary process where the outputs of the process are used as inputs in the next phase of the development. This leads to exponential growth. Kurzweil maintains that the rate of exponential growth itself increases.
Moore’s Law
In its simplest form, Moore’s Law is a relatively straightforward claim, which says that the number of components on a lowest-cost semiconductor chip grows exponentially in time.
Moore: "een exponentieel proces."
Kurzweil: "een versnellend exponentieel proces."
Zie: Kurzweil, Moore, and accelerating change (http://meaningprocessing.com/personalPages/tuomi/articles/Kurzweil.pdf)
Beijing Genomics Institute Signs Multi-Million Dollar Order for 11 Additional Illumina Genome Analyzers
April 22, 2008
New Capacity Will Triple BGI's Rate of Whole-Genome Sequencing Projects
SAN DIEGO -- Illumina, Inc. (NASDAQ:ILMN) today announced that in early March Beijing Genomics Institute (BGI) purchased 11 Genome Analyzers, increasing the organization's total number of the Illumina sequencing systems to 17. BGI is the fourth genome center to expand its Genome Analyzer install base to double digits. As a result of recent enhancements to the Genome Analyzer, BGI researchers will have the capacity to sequence more than two human genomes to 25x coverage per week. This significant increase in throughput will expand BGI's capacity for sequencing services to the local genetic research labs, as well as broaden the range and pace of sequencing projects undertaken by the organization, such as the YangHuang 99 project, the 1000 Genomes Project, the Giant Panda Project, the tree of life project, and numerous other large-scale initiatives.
"BGI is focused on accelerating the rate of scientific discovery, and expanding our understanding of genetic variation and diversity across human genomes. We have worked closely with Illumina to determine ways to dramatically increase our sequencing capacity in order to efficiently and quickly complete several new large sequencing projects," stated Xiuqing Zhang, Director of the Sequencing Division of the Beijing Genomics Institute. "After rigorously testing this sequencing platform, we opted to purchase the additional Genome Analyzers because of the machine's enhanced level of performance, price, and ease of use. Combined with the longer 500bp reads from other platforms, Illumina is the most suitable high throughput sequencing platform for accurate de novo genome sequencing. The collaborative relationship that we established with Illumina this past year also played a significant role in our decision to scale up to 17 Genome Analyzers."
Uit: Artikel (http://findarticles.com/p/articles/mi_m0EIN/is_2008_April_22/ai_n25339938)
Dr. Jim Watson’s Genome Sequenced
May 29, 2007
Congratulations to Dr. James Watson, co-discoverer of the structure of DNA, whose genome sequence will be handed to him on a DVD this week. His genome was sequenced six times over for quality control and it cost 454 Life Sciences (acquired by Roche) approximately $1 million dollars.
When “Project Jim” was announced in 2005, Dr. Watson said he didn’t not want to know what variant of the ApoE gene he had. Another leader in the intial sequencing of the human genome, Craig Venter, already knows that he has ApoE4, which is associated with Alzheimer’s disease.
Uit: Artikel (http://www.eyeondna.com/2007/05/29/jim-watsons-genome-sequenced-for-2-million-dollars/)
Zie: Artikel (http://www.eyeondna.com/2007/09/05/more-on-dr-j-craig-venters-fabulous-genome/)
September 5, 2007
Zie: Artikel (http://www.laboratorytalk.com/news/ill/ill106.html)
08 February 2008
Zie: Artikel (http://www.eyeondna.com/2008/01/07/beijing-genomics-institute-sequence-fourth-human-genome-in-the-world/)
January 7, 2008
Zie: Artikel (http://www.nieuws.leidenuniv.nl/index.php3?m=&c=2336)
27 mei 2008
Knome Inc.
Knome is the first personal genomics company to offer whole-genome sequencing and comprehensive analysis services for individuals. Based in Cambridge, Massachusetts, we work alongside leading geneticists, clinicians and bioinformaticians from Harvard and MIT to enable our clients to obtain, understand, and share their genomic information in a manner that is both anonymous and secure. We are currently offering 20 individuals the opportunity to participate in our initial launch phase. By being amongst the first individuals in history to have their whole genome sequenced, these participants will help pioneer the emerging field of personal genomics. http://www.knome.com/
~~~~~~
Beijing Genomics Institute
BGI has been a core participant in all major international sequencing efforts, including the International Human Genome Project and the International HapMap Consortium. The Institute has one of the largest bioinformatics teams in the world and has made a significant investment in state-of-the-art sequencing technologies, deploying over 120 sequencing machines, 10 supercomputers, and 500 terabytes of storage. Please visit www.genomics.org.cn for more information.
netslet
4 juni 2008, 16:12
Moore: "een exponentieel proces."
Kurzweil: "een versnellend exponentieel proces."
Een proces dat beschreven kan worden door een exponentiële functie is altijd een versnellend proces.
Stel bvb een proces voor dat beschreven kan worden door de exponentiële functie f(x) = e^x.
Om de versnelling van die functie te weten hebben we de afgeleide nodig: deze is hier: ln(e) . e^x = e^x. De functie f(x) versnelt dus steeds ( f '(x1) > f '(x2) wanneer x1 > x2 )
Dat laatste gaat op voor elke exponentiële functie.
Het verschil tussen de wet van Moore en deze van Kurzweil zit hem mijn inziens eerder in de 'scope' van de wet.
Jazeker
4 juni 2008, 16:31
Wat heeft dit met milieu te maken?
Wat heeft dit met milieu te maken?
De bouwstenen van alle leven op aarde = inert chemisch materiaal.
Alle chemisch materiaal = deel van het ecosysteem.
http://nodebox.net/code/data/media/evolution-gcd.jpg
De beperkte groep van mensen die in het hierboven vermeldde meegaan
vormen de voorhoede van kleine groepen die zich van de maatschappij gaan
afzonderen om aan 'privé-evolutie' te doen. De voorsprong die deze
kleine groepen gaat opbouwen wordt onoverbrugbaar voor
de rest van de maatschappij. Een overweldigende meerderheid van mensen
zal deze evolutie geen warm hart toedragen, maar dat doet er niet toe.
Ze zal plaatshebben.
Een voorbeeld: als gedurende tien generaties de intellectuele capaciteiten
iedere keer met 20% toenemen, dan ga je van IQ = 100 naar IQ = 620.
voicelesscharlie
21 juni 2008, 21:00
Beijing Genomics Institute Signs Multi-Million Dollar Order for 11 Additional Illumina Genome Analyzers
April 22, 2008
New Capacity Will Triple BGI's Rate of Whole-Genome Sequencing Projects
SAN DIEGO -- Illumina, Inc. (NASDAQ:ILMN) today announced that in early March Beijing Genomics Institute (BGI) purchased 11 Genome Analyzers, increasing the organization's total number of the Illumina sequencing systems to 17. BGI is the fourth genome center to expand its Genome Analyzer install base to double digits. As a result of recent enhancements to the Genome Analyzer, BGI researchers will have the capacity to sequence more than two human genomes to 25x coverage per week. This significant increase in throughput will expand BGI's capacity for sequencing services to the local genetic research labs, as well as broaden the range and pace of sequencing projects undertaken by the organization, such as the YangHuang 99 project, the 1000 Genomes Project, the Giant Panda Project, the tree of life project, and numerous other large-scale initiatives.
"BGI is focused on accelerating the rate of scientific discovery, and expanding our understanding of genetic variation and diversity across human genomes. We have worked closely with Illumina to determine ways to dramatically increase our sequencing capacity in order to efficiently and quickly complete several new large sequencing projects," stated Xiuqing Zhang, Director of the Sequencing Division of the Beijing Genomics Institute. "After rigorously testing this sequencing platform, we opted to purchase the additional Genome Analyzers because of the machine's enhanced level of performance, price, and ease of use. Combined with the longer 500bp reads from other platforms, Illumina is the most suitable high throughput sequencing platform for accurate de novo genome sequencing. The collaborative relationship that we established with Illumina this past year also played a significant role in our decision to scale up to 17 Genome Analyzers."
Uit: Artikel (http://findarticles.com/p/articles/mi_m0EIN/is_2008_April_22/ai_n25339938)
Aandeeltjes hiervan kopen en rustig verder slapen.:-P;-)
RodeLantaarn
23 juni 2008, 14:32
Langs de ene kant kan het nuttig zijn dat een genoom volledig kan gesequeneerd worden op een uiterste korte tijd: genetische afwijkingen kunnen direct gedetecteerd worden, eveneens de aanleg voor bepaalde kankers en vatbaarheid voor infecties.
Helaas is de andere kant ietwat minder aangenaam: De privacy kan sterk ingedijkt worden met deze technologie. Je DNA kan namelijk altijd ontegensprekelijk gevonden worden op plaatsen waar je geweest bent (het is al lastig om dit te voorkomen). Het gevaar voor een Big Brother-samenleving is niet onreël (zeker met de huidige (ongegronde?) wil van de mensen om hun privacy op te geven voor meer veiligheid, en de o zo ethische leiders van de 'vrije wereld'). De wetenschappelijke gemeenschap moet zich dus hoeden voor misbruik van de techniek, die zeer smerig gebruikt kan worden.
Doet me denken aan de film Gattaca...
Zoals wij, mensen van deze generatie, momenteel planten en dieren genetisch wijzigen, zo kunnen wij ook mensen wijzigen. Dat zijn identiek dezelfde technieken. Het toekomstbeeld hierboven geschetst is geen fictie, ze is realiteit. De toekomstige evolutie van de menselijke soort ligt in onze eigen handen. Het moreel verwerpen van het meest vernuftige dat de mensheid in heel zijn geschiedenis zal voortbrengen (zijn eigen evolutie in de hand nemen) is gelijk aan de menselijke vooruitgang zelf verwerpen, daarom dogmatisch en dus totaal contraproductief.
De enige vraag die rest: hoe organiseren we dat? Hoe brengen we deze vooruitgang op gang, op kruissnelheid? De in deze topic vermeldde elite van genetici kan een belangrijke voorbeeldfunctie vervullen. Eens een paar positieve succesverhalen kan het vlug gaan.
Enkele voorbeelden:
Genetici ontdekken een gen dat een enorm gewenst effect heeft bij inplanten in het menselijk genoom (vb. vertraging van veroudering, vermindering van het voorkomen van kanker)
Een spermabank van uitmuntende kwaliteit met bijhorende service aan vrouwen die op deze manier zwanger wensen te raken.
Het AIDS virus muteert en wordt echt epidemisch (vb. overdraagbaar via een muggenbeet). De maatschappij aanvaardt programma's om genen in te brengen in embryo's die resistentie in zich dragen tegen deze mutant.
Een extreem rijk persoon sponsort zijn eigen evolutie (voorbeeldfunctie)
Nucleaire oolog verhoogt het aantal mutaties tot een niveau waarbij gecontroleerde voortplanting noodzakelijk wordt om de maatschappij leefbaar te houden.
RodeLantaarn
23 juni 2008, 23:06
Zoals wij, mensen van deze generatie, momenteel planten en dieren genetisch wijzigen, zo kunnen wij ook mensen wijzigen. Dat zijn identiek dezelfde technieken. Het toekomstbeeld hierboven geschetst is geen fictie, ze is realiteit. De toekomstige evolutie van de menselijke soort ligt in onze eigen handen. Het moreel verwerpen van het meest vernuftige dat de mensheid in heel zijn geschiedenis zal voortbrengen (zijn eigen evolutie in de hand nemen) is gelijk aan de menselijke vooruitgang zelf verwerpen, daarom dogmatisch en dus totaal contraproductief.
De enige vraag die rest: hoe organiseren we dat? Hoe brengen we deze vooruitgang op gang, op kruissnelheid? De in deze topic vermeldde elite van genetici kan een belangrijke voorbeeldfunctie vervullen. Eens een paar positieve succesverhalen kan het vlug gaan.
Enkele voorbeelden:
Genetici ontdekken een gen dat een enorm gewenst effect heeft bij inplanten in het menselijk genoom (vb. vertraging van veroudering, vermindering van het voorkomen van kanker)
Een spermabank van uitmuntende kwaliteit met bijhorende service aan vrouwen die op deze manier zwanger wensen te raken.
Het AIDS virus muteert en wordt echt epidemisch (vb. overdraagbaar via een muggenbeet). De maatschappij aanvaardt programma's om genen in te brengen in embryo's die resistentie in zich dragen tegen deze mutant.
Een extreem rijk persoon sponsort zijn eigen evolutie (voorbeeldfunctie)
Nucleaire oolog verhoogt het aantal mutaties tot een niveau waarbij gecontroleerde voortplanting noodzakelijk wordt om de maatschappij leefbaar te houden.
In bepaalde gevallen kan dit inderdaad uitermate nuttig zijn voor het overleven van de mensheid. Ik vrees echter dat niet iedereen zo menslievend is en eerder denkt aan het gebruik van de technologie als wapen (bv een schijnbaar onschuldige plant die in staat is een bepaald neurotoxine te verspreiden op zijn pollenkorrel). Ik hoop dat de mensheid inziet dat men voorzichtig moet zijn met genetisch materiaal; zo ook krijg je een ethische kwestie omtrent de 'genetisch sterkere' mensen. Deze zijn dan in vele opzichten superieur aan de oorspronkelijke bevolking. Was dat neit de droom van een Duitse dictator enige tijd geleden?
Toen was het een droom, gebaseerd op pseudo-wetenschap.
Nu nadert het, gebaseerd op echte wetenschap.
Voorlopig nog in vroeg stadium en buiten de aandacht van de massa.
Maar het is er.
De chinezen maken er de hoogste strategische prioriteit van.
Big Bang = 13,7 miljard jaar geleden
De planeet Aarde = 4,5 tot 4,6 miljard jaar oud
Oudste levensvorm waarover geen discussie bestaat = 1,9 miljard jaar oud [met vondsten in Australië: olie (gevormd uit rottingsprocessen van organisch materiaal) die 3,2 miljard jaar geleden uit organismen zou ontstaan zijn]
Landplanten (ontstaan uit algae) bestaan sinds 510 miljoen jaar
Hominini = 5 �* 7 miljoen jaar geleden [waaruit geslacht homo en geslacht pan (chimpansee, bonobo, ...)]
Homo sapiens (idaltu) = 160.000 jaar [Ethiopië]
http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/P/PrimatePhylogeny-rev3.tif
The human genome is made up of DNA, which has four different chemical building blocks. These are called bases and abbreviated A, T, C, and G. In the human genome, about 3 billion bases are arranged along the chromosomes in a particular order for each unique individual.
Storing all this information is a great challenge to computer experts known as bioinformatics specialists. One million bases (called a megabase and abbreviated Mb) of DNA sequence data is roughly equivalent to 1 megabyte of computer data storage space. Since the human genome is 3 billion base pairs long, 3 gigabytes of computer data storage space are needed to store the entire genome. This includes nucleotide sequence data only and does not include data annotations and other information that can be associated with sequence data.
As time goes on, more annotations will be entered as a result of laboratory findings, literature searches, data analyses, personal communications, automated data-analysis programs, and auto annotators. These annotations associated with the sequence data will likely dwarf the amount of storage space actually taken up by the initial 3 billion nucleotide sequence. Of course, that's not much of a surprise because the sequence is merely one starting point for much deeper biological understanding!
Info (http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/faq/faqs1.shtml)
Hoe groot is uw hard disk? Kan het erop?
Een hard disk van 300 GB, redelijk courant vandaag, stockeert 100 menselijke genomen.
In bepaalde gevallen kan dit inderdaad uitermate nuttig zijn voor het overleven van de mensheid. Ik vrees echter dat niet iedereen zo menslievend is en eerder denkt aan het gebruik van de technologie als wapen (bv een schijnbaar onschuldige plant die in staat is een bepaald neurotoxine te verspreiden op zijn pollenkorrel). Ik hoop dat de mensheid inziet dat men voorzichtig moet zijn met genetisch materiaal; zo ook krijg je een ethische kwestie omtrent de 'genetisch sterkere' mensen. Deze zijn dan in vele opzichten superieur aan de oorspronkelijke bevolking. Was dat neit de droom van een Duitse dictator enige tijd geleden?
Waar je écht bang moet voor zijn is het verschil tussen rijk en arm.
Hoeveel is een optimaal nalatenschap waard voor de rijke?
Duizend euro?
Of een miljoen euro?
Een hard disk van 300 GB, redelijk courant vandaag, stockeert 100 menselijke genomen.
Eens je een dergelijke hoeveelheid data bij elkaar hebt kan het werk beginnnen.
Geautomatiseerde data-analyse.
Van dan af neemt je kennis exponentieel toe.
Heel belangrijk om het begin van de exponentiële curve zeker niet te missen.
De chinezen hebben dat heel goed begrepen.
Zij maken van het lezen van code de hoogste strategische prioriteit.
Niks is de chinezen teveel om mee te zijn in dit dossier.
Zie: Beijing Genomics Institute (eerder vermeld in deze discussie)
http://www.sdgenomics.dk/SiteResources/data/MediaArchive/images/ABI3730.gif
(sequencer)
Prof. Huanming Yang
M.S. in 1982 from Southeast China University in Nanjing, China
Ph.D. from Copenhagen University, Denmark, in 1988
Postdoctoral trainings at:
CIML in Marseille, France (1989-1990),
Harvard Medical School (1990-1991)
UCLA in Los Angeles, USA (1991-1993)
He took professorship at Peking Union MedicalCollege/Chinese Academy of Medical Sciences in 1994, and co-founded Human Genome Center at Institute of Genetics, CAS, in 1998 and then Beijing Genomics Institute (BGI) in Sept. 1999. Dr. Yang is currently Director and Professor of BGI, CAS, which has made a significant contribution to the International Human Genome Project and HapMap Projects, as well as to genome sequencing and analysis on the rice, chicken, silkworm and many microorganisms. Dr. Yang is Coordinator-in-China of the International Human Genome Sequencing Consortium, the International HapMap Consortium, and the International GenomeSequencing Consortium. He receives Award of Research Leader of the Year, 2002, by Scientific American, Qiu Shi Award by Hongkong Qiu Shi S & T Foundation, Nikkei Asia Prize for Science, 2003, Nihon Keizai Shimbun, Inc. Japan, and 2005 Award in Biology by the Third World Academy of Sciences (TWAS), and many national awards.
http://www.bibalex.org/BioAlex2006Conf/HomePic/yang_Huanming.jpg
Nr.10
6 februari 2009, 05:38
Complete genomics doet het voor 5.000 $
Vanaf Q2 2009, naar eigen zeggen.
http://www.technologyreview.com/files/21226/dna_illus_x220.jpg
Zie: Artikel (http://www.technologyreview.com/biomedicine/21466/)
http://2.bp.blogspot.com/_VyTCyizqrHs/SOow5HldTqI/AAAAAAAABco/5DjwO06ftgs/s1600/completegenomics.jpg
Zie: Artikel (http://nextbigfuture.com/2008/10/complete-genomics-will-sequence-human.html)
Nr.10
7 februari 2009, 20:25
Wat heeft dit met milieu te maken?
http://www.youtube.com/watch?v=g7cylfQtkDg&feature=related
Als de rest u niet interesseert: ga naar 4'30"
diminike
13 februari 2009, 08:28
Voorlopig is het nut vrij beperkt.
Maar, wet van Moore, iedere 18 maanden verdubbelt de technische vooruitgang.
==> Exponentiëel proces.
Ah ja:roll:
diminike
13 februari 2009, 08:30
Langs de ene kant kan het nuttig zijn dat een genoom volledig kan gesequeneerd worden op een uiterste korte tijd: genetische afwijkingen kunnen direct gedetecteerd worden, eveneens de aanleg voor bepaalde kankers en vatbaarheid voor infecties.
Helaas is de andere kant ietwat minder aangenaam: De privacy kan sterk ingedijkt worden met deze technologie. Je DNA kan namelijk altijd ontegensprekelijk gevonden worden op plaatsen waar je geweest bent (het is al lastig om dit te voorkomen). Het gevaar voor een Big Brother-samenleving is niet onreël (zeker met de huidige (ongegronde?) wil van de mensen om hun privacy op te geven voor meer veiligheid, en de o zo ethische leiders van de 'vrije wereld'). De wetenschappelijke gemeenschap moet zich dus hoeden voor misbruik van de techniek, die zeer smerig gebruikt kan worden.
Doet me denken aan de film Gattaca...
Je hebt niet het ganse genoom van iemand nodig om dat te kunnen
toe-eigenen aan één persoon hoor.
Nr.10
13 februari 2009, 08:54
Ah ja:roll:
Binnenkort kun je er in de natuur op uit trekken met een sequencer in je rugzak, bij wijze van spreken.
In de wondere wereld van oa de micro-organismen ligt er nog een enorme schat aan niet-ondekte informatie (waarvan er spijtig genoeg een groot deel dreigt te verdwijnen nog voor het ontdekt kan worden).
diminike
18 februari 2009, 08:55
Binnenkort kun je er in de natuur op uit trekken met een sequencer in je rugzak, bij wijze van spreken.
In de wondere wereld van oa de micro-organismen ligt er nog een enorme schat aan niet-ondekte informatie (waarvan er spijtig genoeg een groot deel dreigt te verdwijnen nog voor het ontdekt kan worden).
diminike
18 februari 2009, 08:55
Binnenkort kun je er in de natuur op uit trekken met een sequencer in je rugzak, bij wijze van spreken.
In de wondere wereld van oa de micro-organismen ligt er nog een enorme schat aan niet-ondekte informatie (waarvan er spijtig genoeg een groot deel dreigt te verdwijnen nog voor het ontdekt kan worden).
Met vloeibare stikstof in de ene hand en een paraplu in de andere hand?
Wat wil je met al je post bewijzen?
JurgenD
25 februari 2009, 20:23
Wat zou het nut daarvan zijn?
Ze zijn de bloedlijn aan het opsporen van het Frans Koningshuis.
Het Franse Koningshuis heeft banden met de lijn van het Heilig Graal, en veel blabla.
Maar wat belangrijk is, is dat de grote voorspeller Nostradamus heeft voorspelt dat
een Franse Koning, uit het geslacht van Capet, zal oprijzen en de wereld uit de knoei zal helpen. De Grote Monarch.
Dus vandaar het Leuvense DNA onderzoek van lichaamsdelen van koningin Marie Antoinette ...
De Vrijmetselarij is ferm aan het zoeken om de draad terug te vinden.
http://www.volkskrantreizen.nl/blogpost.php?usergroup=redactie&username=martin_sommer&nodeId=27608
Maar goed, niemand zal mij toch geloven. :-)
Er is veel tussen hemel en aarde....
Nr.10
8 april 2009, 21:32
Met vloeibare stikstof in de ene hand en een paraplu in de andere hand?
Wat wil je met al je post bewijzen?
Dat alle levende materie tot één en dezelfde familie behoort.
Het concept van de universele boom van species.
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/9c/Tree_of_life_int.svg/652px-Tree_of_life_int.svg.png
Nr.10
14 april 2009, 00:13
Het vierde menselijk genoom gesequenced waarvan melding in post 14
is eigenlijk de start van het 'YanHuang Project'.
Dit project wil in drie jaar tijd 100 Chinese individuen volledig sequencen.
The Yanhuang Project has three phases:
To sequence a Chinese individual’s genome that serves as the reference.
To sequence at least 99 more individuals’ genomes to construct a Chinese genetic polymorphism map.
To study the results of the first two phases and apply the findings to medical science.
Zie: Artikel (http://www.eyeondna.com/2008/01/07/beijing-genomics-institute-sequence-fourth-human-genome-in-the-world/)
YanHuang Project ==> YH database
Human Genome size estimation ~ 3.2 Gbp (3 200 000 000 letters)
http://yh.genomics.org.cn/img/chrs.gif
On October 11th, 2007, Beijing Genomics Institute at Shenzhen (BGI-Shenzhen) announced the completion of first diploid genome sequence of a Han Chinese, a representative of Asian population. The genome, named as YH, is a very start of YanHuang Project, which aims to sequence 100 Chinese individuals in 3 years.
We set up this ‘YH database’ to present the entire DNA sequence assembled based on 3.3 billion reads (117.7Gbp raw data) generated by Illumina Genome Analyzer. In total of 102.9Gbp nucleotides were mapped onto the NCBI human reference genome (Build 36) by self-developed software SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program), and 3.07 million SNPs were identified.
Zie: YanHuang (http://yh.genomics.org.cn/)
http://www.genomics.org.cn/upfiles/20081201190020.jpg
Nr.10
17 november 2009, 13:41
Uit de TED reeks, gefilmd feb 2003.
Juan Enriquez on genomics and our future (http://www.ted.com/talks/juan_enriquez_on_genomics_and_our_future.html)
Nr.10
5 februari 2010, 07:25
http://sciencecommons.org/projects/data
The Neurocommons project is creating an Open Source knowledge management platform for biological research.
The software will be released by Science Commons under the BSD Open Source License.
Zie filmje op de site.
Nr.10
18 februari 2010, 19:58
Desmond Tutu doneert genoom aan wetenschap (http://knack.rnews.be/nieuws/wetenschap/desmond-tutu-doneert-genoom-aan-wetenschap/site72-section45-article46712.html)
18 feb 2010
Het vakblad Nature meldt dat de 78-jarige Nobelprijswinnaar voor de Vrede aan wetenschappers van de Australische universiteit New South Wales de toestemming heeft gegeven om zijn genoom te ontrafelen en bekend te maken.
Het internationale onderzoekersteam analyseerde de gensequentie van in totaal vijf Afrikaanse mannen. De aartsbisschop - die behoort tot de Bantoe - en een stamoudste uit de Kalahari-woestijn werden daarbij volledig "gedecodeerd". Hun genoom werd aangevuld met talrijke genetische gegevens van drie andere stamoudsten, die elk tot een gemeenschap van jagers en verzamelaars behoren.
Uit het DNA-onderzoek bleek dat de verschillen tussen de Afrikanen onderling groter waren dan die tussen een Europeaan en een Aziaat. "De genetische diversiteit bij Afrikanen is een overblijfsel van de lange periode van menselijke evolutie op het Afrikaanse continent", aldus de onderzoekers.
Het DNA-onderzoek toonde voorts aan dat Desmond Tutu in directe lijn van de Bosjesmannen afstamt.
:painting:
Pieter B
18 februari 2010, 23:35
Life Nr.02
Op zich boeit mij dat niet als ze geen manier hebben om mijn geheugen over te zetten.
Nr.10
26 februari 2010, 02:34
The First and Last Meeting of Everyone with a Fully Sequenced Genome (http://www.wired.com/wiredscience/2010/02/getconference/?utm_source=feedburner&utm_medium=feed&utm_campaign=Feed%3A+wired%2Findex+%28Wired%3A+Ind ex+3+%28Top+Stories+2%29%29)
18 feb 2010
Nearly every person who has had their entire genome sequenced will gather in a single room near Boston on April 27. It’s the last time this will ever happen. Within a year, the dozens of people in this elite group will have been joined by a thousand or more people.
“There was a time that only guys in white labcoats had the credentials and training to operate computers,” said Jason Bobe, co-organizer of the GET conference, where the fully sequenced group will meet. ”Nowadays, we’re all experts to some degree. This is happening in genetics too.”
The next five years will bring massive genetics experiments and breakthroughs in personalized cancer treatment, according to Harvard University geneticist George Church.
The first human genome sequence, finished in 2003, cost an estimated $2.7 billion. Today, the price has dropped below $1,500 for a complete sequence, and it’s on the way to becoming so inexpensive that most everyone will be able to afford it.
We zitten al aan 1100 euro voor een compleet gesequenced genoom (volgens deze bron).
En de kost blijft zakken. Spoedig zal iedereen het zich kunnen veroorloven.
Nr.10
26 februari 2010, 02:44
Bron (http://scienceblogs.com/geneticfuture/2009/04/knome_to_auction_whole_genome.php)
I can promise you this: well before the price of a retail genome sequence dips below the magical $1000 point I'll have my own sequence sitting on my hard drive.
Hoeveel plaats neemt het in op uw harde schijf?
Nr.10
26 februari 2010, 02:46
Aan welke prijs jumpt u in?
Nr.10
26 februari 2010, 02:53
Te koop: volledig gesequenced genoom + browser software
Bron (http://www.technologyreview.com/TR35/Profile.aspx?Cand=T&TRID=794)
Nr.10
26 februari 2010, 03:01
BGI to Sequence Tiger, Lion, and Leopard Species This Year (http://www.genomeweb.com/sequencing/bgi-sequence-tiger-lion-and-leopard-species-year)
16 feb 2010
Chinese genomics institute BGI and collaborators are embarking on a project to sequence the genomes of the lion, tiger, and leopard, BGI said last week.
The "International Big Cats Genome Project," announced just before the start of the Chinese year of the tiger last weekend, is part of BGI's goal to sequence the genomes of 1,000 plant and animal reference species over the next two years.
BGI will sequence the genomes using Illumina's HiSeq 2000 platform, and will form a research consortium for the data analysis.
The three zoos involved in the project will provide the DNA samples, although BGI would welcome additional samples, for example to study genetic variation, according to the spokesperson.
Nr.10
26 februari 2010, 03:50
Uit de TED reeks, gefilmd feb 2003.
Juan Enriquez on genomics and our future (http://www.ted.com/talks/juan_enriquez_on_genomics_and_our_future.html)
Uit de TED reeks, gefilmd feb 2009
Juan Enriquez shares mindboggling science (http://www.ted.com/talks/juan_enriquez_shares_mindboggling_new_science.html )
Nr.10
2 maart 2010, 00:06
Hier vindt u heel wat info met betrekking tot genomische databanken.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
The GenBank sequence database is an open access, annotated collection of all publicly available nucleotide sequences and their protein translations. This database is produced at National Center for Biotechnology Information (NCBI) as part of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration, or INSDC. GenBank and its collaborators receive sequences produced in laboratories throughout the world from more than 100,000 distinct organisms. GenBank continues to grow at an exponential rate, doubling every 18 months.[1][2] Release 155, produced in August 2006, contained over 65 billion nucleotide bases in more than 61 million sequences.[3] GenBank is built by direct submissions from individual laboratories, as well as from bulk submissions from large-scale sequencing centers.
http://en.wikipedia.org/wiki/GenBank
The International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC, http://insdc.org) consists of a joint effort to collect and disseminate databases containing DNA and RNA sequences. It involves the following computerized databases:
DNA Data Bank of Japan (Japan)
GenBank (USA)
EMBL (European Molecular Biology Laboratory, Germany)
New and updated data on nucleotide sequences contributed by research teams to each of the three databases are synchronized on a daily basis through continuous interaction between the staff at each the collaborating organizations.
http://en.wikipedia.org/wiki/International_Nucleotide_Sequence_Database_Collabo ration
Nr.10
23 maart 2010, 02:06
The New Genomics - Software Development at Petabyte Scale (http://www.youtube.com/watch?v=A64WKH9gNI8)
31 okt 2008
Een uiteenzetting van 48 minuten. Hoe de enorme hoeveelheid data benaderen? Met welke software? Waar liggen de kritieke punten?
Nr.10
24 maart 2010, 17:24
Genenkaart bepaald van Glenn Close (http://www.ggz.nl/index.php?option=com_content&view=article&id=11827:genenkaart-bepaald-van-beroemde-zus-van&catid=1:laatste-nieuws&Itemid=140)
maart 2010
“Het is geen geheim dat er geestesziekte bij mij in de familie zit.”
De zus van de actrice heeft een bipolaire stoornis, terwijl haar zoon kampt met schizofrenie.
Publieke personen van wie de genetische kaart reeds gesequenced werd:
Craig Venter
Desmond Tutu
Glenn Close
Malaysian Genomics Center Offers Genome Mapping for $4K (http://www.bio-itworld.com/2010/05/20/MGRC.html)
20 mei 2010
Malaysia Genomics Resource Centre (MGRC) has announced a genome mapping pipeline service starting at $4000 per genome.
Let op: genome mapping is niet hetzelfde als 'sequencing'.
(maar dat willen ze in de toekomst ook doen)
“We plan to eventually offer a sequencing service as well."
14 april 2003 = de datum waarop het eerste menselijke genoom volledig in kaart gebracht werd.
Er werd drie miljard gespendeerd aan dat eerste genoom.
Een menselijk genoom bevat drie miljard baseparen
==> 1 fiat-munteenheid per basepaar.
Tegen einde 2014 werden naar schatting
228.000 genomen volledig in kaart gebracht.
De doelstelling van de openingspost werd bereikt.
==> 1.000 fiat-munteenheden voor het in kaart brengen
van een volledig menselijk genoom.
Er is ondertussen wetenschappelijke consensus. Er zijn alleen zwarte rassen of geen rassen. Racisme kan niet meer bestaan. Enkel discriminaties op basis van kleur, leeftijd, geslacht, ideologie, ... .
vBulletin® v3.6.8, Copyright ©2000-2024, Jelsoft Enterprises Ltd.