Heilige graal: laat uw HELE genoom sequencen.

[Nr.10]

[Nr.10]

Uit de TED reeks, gefilmd feb 2003.
Juan Enriquez on genomics and our future

[Nr.10]

http://sciencecommons.org/projects/data

The Neurocommons project is creating an Open Source knowledge management platform for biological research.

The software will be released by Science Commons under the BSD Open Source License.

Zie filmje op de site.

[Nr.10]

Desmond Tutu doneert genoom aan wetenschap
18 feb 2010

Het vakblad Nature meldt dat de 78-jarige Nobelprijswinnaar voor de Vrede aan wetenschappers van de Australische universiteit New South Wales de toestemming heeft gegeven om zijn genoom te ontrafelen en bekend te maken.

Het internationale onderzoekersteam analyseerde de gensequentie van in totaal vijf Afrikaanse mannen. De aartsbisschop - die behoort tot de Bantoe - en een stamoudste uit de Kalahari-woestijn werden daarbij volledig "gedecodeerd". Hun genoom werd aangevuld met talrijke genetische gegevens van drie andere stamoudsten, die elk tot een gemeenschap van jagers en verzamelaars behoren.

Uit het DNA-onderzoek bleek dat de verschillen tussen de Afrikanen onderling groter waren dan die tussen een Europeaan en een Aziaat. "De genetische diversiteit bij Afrikanen is een overblijfsel van de lange periode van menselijke evolutie op het Afrikaanse continent", aldus de onderzoekers.

Het DNA-onderzoek toonde voorts aan dat Desmond Tutu in directe lijn van de Bosjesmannen afstamt.

[Pieter B]

Oorspronkelijk geplaatst door Nr.10

Life Nr.02

Op zich boeit mij dat niet als ze geen manier hebben om mijn geheugen over te zetten.

[Nr.10]

The First and Last Meeting of Everyone with a Fully Sequenced Genome
18 feb 2010

Nearly every person who has had their entire genome sequenced will gather in a single room near Boston on April 27. It’s the last time this will ever happen. Within a year, the dozens of people in this elite group will have been joined by a thousand or more people.

“There was a time that only guys in white labcoats had the credentials and training to operate computers,” said Jason Bobe, co-organizer of the GET conference, where the fully sequenced group will meet. ”Nowadays, we’re all experts to some degree. This is happening in genetics too.”

The next five years will bring massive genetics experiments and breakthroughs in personalized cancer treatment, according to Harvard University geneticist George Church.

The first human genome sequence, finished in 2003, cost an estimated $2.7 billion. Today, the price has dropped below $1,500 for a complete sequence, and it’s on the way to becoming so inexpensive that most everyone will be able to afford it.

We zitten al aan 1100 euro voor een compleet gesequenced genoom (volgens deze bron).
En de kost blijft zakken. Spoedig zal iedereen het zich kunnen veroorloven.

[Nr.10]

Bron

I can promise you this: well before the price of a retail genome sequence dips below the magical $1000 point I'll have my own sequence sitting on my hard drive.

Hoeveel plaats neemt het in op uw harde schijf?

[Nr.10]

Aan welke prijs jumpt u in?

[Nr.10]

Te koop: volledig gesequenced genoom + browser software

Bron

[Nr.10]

BGI to Sequence Tiger, Lion, and Leopard Species This Year
16 feb 2010

Chinese genomics institute BGI and collaborators are embarking on a project to sequence the genomes of the lion, tiger, and leopard, BGI said last week.

The "International Big Cats Genome Project," announced just before the start of the Chinese year of the tiger last weekend, is part of BGI's goal to sequence the genomes of 1,000 plant and animal reference species over the next two years.

BGI will sequence the genomes using Illumina's HiSeq 2000 platform, and will form a research consortium for the data analysis.

The three zoos involved in the project will provide the DNA samples, although BGI would welcome additional samples, for example to study genetic variation, according to the spokesperson.

[Nr.10]

Oorspronkelijk geplaatst door Nr.10

Uit de TED reeks, gefilmd feb 2003.
Juan Enriquez on genomics and our future

Uit de TED reeks, gefilmd feb 2009
Juan Enriquez shares mindboggling science

[Nr.10]

Hier vindt u heel wat info met betrekking tot genomische databanken.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

The GenBank sequence database is an open access, annotated collection of all publicly available nucleotide sequences and their protein translations. This database is produced at National Center for Biotechnology Information (NCBI) as part of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration, or INSDC. GenBank and its collaborators receive sequences produced in laboratories throughout the world from more than 100,000 distinct organisms. GenBank continues to grow at an exponential rate, doubling every 18 months.[1][2] Release 155, produced in August 2006, contained over 65 billion nucleotide bases in more than 61 million sequences.[3] GenBank is built by direct submissions from individual laboratories, as well as from bulk submissions from large-scale sequencing centers.

http://en.wikipedia.org/wiki/GenBank

The International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC, http://insdc.org) consists of a joint effort to collect and disseminate databases containing DNA and RNA sequences. It involves the following computerized databases:

• DNA Data Bank of Japan (Japan)
• GenBank (USA)
• EMBL (European Molecular Biology Laboratory, Germany)

New and updated data on nucleotide sequences contributed by research teams to each of the three databases are synchronized on a daily basis through continuous interaction between the staff at each the collaborating organizations.

http://en.wikipedia.org/wiki/Interna..._Collaboration

[Nr.10]

The New Genomics - Software Development at Petabyte Scale
31 okt 2008
Een uiteenzetting van 48 minuten. Hoe de enorme hoeveelheid data benaderen? Met welke software? Waar liggen de kritieke punten?

[Nr.10]

Genenkaart bepaald van Glenn Close
maart 2010

“Het is geen geheim dat er geestesziekte bij mij in de familie zit.”

De zus van de actrice heeft een bipolaire stoornis, terwijl haar zoon kampt met schizofrenie.

Publieke personen van wie de genetische kaart reeds gesequenced werd:

• Craig Venter
• Desmond Tutu
• Glenn Close

[Nr.10]

Malaysian Genomics Center Offers Genome Mapping for $4K
20 mei 2010

Malaysia Genomics Resource Centre (MGRC) has announced a genome mapping pipeline service starting at $4000 per genome.

Let op: genome mapping is niet hetzelfde als 'sequencing'.
(maar dat willen ze in de toekomst ook doen)

“We plan to eventually offer a sequencing service as well."

[Nr.10]

14 april 2003 = de datum waarop het eerste menselijke genoom volledig in kaart gebracht werd.
Er werd drie miljard gespendeerd aan dat eerste genoom.
Een menselijk genoom bevat drie miljard baseparen
==> 1 fiat-munteenheid per basepaar.

Tegen einde 2014 werden naar schatting
228.000 genomen volledig in kaart gebracht.

De doelstelling van de openingspost werd bereikt.
==> 1.000 fiat-munteenheden voor het in kaart brengen
van een volledig menselijk genoom.

[Vlad]

Er is ondertussen wetenschappelijke consensus. Er zijn alleen zwarte rassen of geen rassen. Racisme kan niet meer bestaan. Enkel discriminaties op basis van kleur, leeftijd, geslacht, ideologie, ... .