Politics.be - Los bericht bekijken - Humaan genoom, Big Data, Hadoop MapReduce, gedistribueerde dataopslag, 3 miljard bp

Nr.10 · 6 mei 2017, 23:30

Dataset
De reads = de dataset.
Bijvoorbeeld 1,5 miljard reads van 100 baseparen.
Komt overeen met 300 GByte aan ruwe data.

Rekentijd
[met een Intel processor 2.60GHz)]

het alligneren aan het referentiegenoom: 2.700 reads per seconde ==> 172 uur
het prepareren van de data: http://broadinstitute.github.io/picard/ ==> 35 uur
"variant calling" (GATK) ==> 80 uur

Totale rekentijd = 12 dagen

6 mei 2017, 23:30	#5
Nr.10 Secretaris-Generaal VN Geregistreerd: 26 september 2003 Locatie: van Lissabon tot Vladivostok Berichten: 31.268	één genoom = 12 dagen rekentijd Dataset De reads = de dataset. Bijvoorbeeld 1,5 miljard reads van 100 baseparen. Komt overeen met 300 GByte aan ruwe data. Rekentijd [met een Intel processor 2.60GHz)] het alligneren aan het referentiegenoom: 2.700 reads per seconde ==> 172 uur het prepareren van de data: http://broadinstitute.github.io/picard/ ==> 35 uur "variant calling" (GATK) ==> 80 uur Totale rekentijd = 12 dagen __________________ Doorzoek forum.politics.be (aangepaste zoekmachine)