simulatie immuniteit evolutie

[Erw]

Oorspronkelijk geplaatst door patrickve

Juist, je kan iedereen met virus = 0 besmetten. Dat komt neer op niet besmetten, maar inderdaad het is niet elegant geprogrammeerd. Maar overal staat een test virus > 0 bij contaminate.
(het was inderdaad aanvankelijk een bug die ik op die manier heb opgevangen: ik wilde het toelaten om contaminate met virus = 0 te doen, wat neerkomt op niks doen).

Een manier om wat programmacode en processortijd uit te sparen zou kunnen zijn een bail out conditie virus = 0 als eerste instructie, in een loop bvb met het Python instructie equivalent voor een continue (loop).

[patrickve]

Oorspronkelijk geplaatst door Erw

Een manier om wat programmacode en processortijd uit te sparen zou kunnen zijn een bail out conditie virus = 0 als eerste instructie, in een loop bvb met het Python instructie equivalent voor een continue (loop).

Het is alles behalve geoptimiseerde code he. En soms is het zo in Python dat een if conditie meer tijd vraagt dan een loop body vaker uitvoeren.

Het zou veel beter in C++ geschreven worden, maar ik wilde rap een resultaat op een manier die begrijpelijk is.

Maar ik zou zeggen: als ik die code post, mag iedereen zich vrij voelen om er zelf mee te proberen he.

[Erw]

Ja, dit is trouwens irrelevante muggezifterij - over het kader van het schilderij ipv het schilderij.
Het gaat hier over de impact van momentane immuniteit op de momentane natuurlijke selectie die het virus ondergaat.
Dat is bepalend voor de medische impact van de "maatregelen" waaronder de gepushte vaccinaties, in het najaar willen ze de kinderen ook meetrekken in hun nazi controle schema.
En ze zijn hun propaganda al goed in die richting aan het sturen.
De Crem die in zijn gemeente de spots richt op enkele tientallen besmetten in jeugdgroepen, en daarbij dezelfde zottigheid uitkraamt als een colegga indertijd ("samen het virus "klein krijgen") dan weet je dat hun spel er 1 is zonder eind. De permanentie van de nu als tijdelijk voorgeschotelde klooierij / vrijheidsinperkingen.
Recent in een VS staat zelfs de dieren in dierentuinen.
Als dit de mutaties selectiedruk zodanig maakt dat bestaande vaccin - ontwijkende varianten sneller verschijnen dan Nde aangepaste vaccins met Nde vaccinatierondes kunnen volgen, dan versterken de laatste incluis de "maatregelen" net datgene dat ze zogezegd bestreden. Ze veroorzaken hun eigen, en steeds acuter wordende, nood.
En dat is eigenlijk wat dat permanent hoge plateau in de grafiek, visualiseert.
De permanentie van de nazi dwingelandij.
De oppervlakte onder de trends kan gezien worden als de "ergheid" van de epidemie.
En deze met de weinige fluctuaties en hoger gemiddelde, lijkt ruw visueel geschat 5 keer zo groot.

En eigenlijk kan je dit vanuit een ogenscijnlijk heel ander maar alles overkoepelend perspectief bekijken. De "gemaatregelde" trend lijkt wel een procesrespons op een setpoint van een parameter - zo snel mogelijk naar de gewenste waarde en daar zo dicht mogelijk bij blijven.
De "niet-gemaatregemde" trend ziet er ongecontroleerd en "wild" uit. Maar is een factor 5 minder erg.
Centrale planning van "maatregelen", in plaats van van virus.
Corona niet als noodzaak voor dwingelandij, maar als excuus.
Het lijkt sterk op de megalomane bevolkingscontrole die de Duitse nazi's 90 jaar geleden voor ogen hadden onder bombastische muziek van Wagner.

[patrickve]

Oorspronkelijk geplaatst door Erw

Als dit de mutaties selectiedruk zodanig maakt dat bestaande vaccin - ontwijkende varianten sneller verschijnen dan Nde aangepaste vaccins met Nde vaccinatierondes kunnen volgen, dan versterken de laatste incluis de "maatregelen" net datgene dat ze zogezegd bestreden. Ze veroorzaken hun eigen, en steeds acuter wordende, nood.

Dit is inderdaad de mogelijkheid, en waarom ik niet zo warm loop om zo systematisch iedereen te pushen om zich te vaccineren: de mogelijkheid dat door dat pushen, het virus sneller gaat evolueren, en de vaccins die kwetsbare personen moeten beschermen, juist rapper hun nut kwijt zijn.

Of dat fenomeen zich echt voordoet kan ik niet zeggen, maar dat de mogelijkheid daartoe bestaat is evident, en wat dit simulatietje aantoont is dat het inderdaad technisch wel degelijk zo is, en niet enkel steunt op wat met woorden geargumenteerde zaak.

Dat kwetsbaren zich beter vaccineren is een evidentie, en ik was zelfs voorstander om dat na de tweede fase al te doen dus in september ; uiteraard enkel bij bejaarden, en ze goed opvolgen voor eventuele bijwerkingen. Hadden we dat gedaan, we hadden waarschijnlijk een pak levens kunnen redden tijdens de tweede piek ; in het ergste geval zouden we ze een niet-werkend vaccin hebben ingespoten, maar dat zou niet erger geweest zijn dan niks doen. We hadden toen toch de productie niet om gans het volk in te spuiten, maar we hadden misschien wel woon zorg centra kunnen inspuiten, en bovendien hadden we de productie gestimuleerd.

Dat de mensen van middelbare leeftijd zich NU vaccineren is waarschijnlijk in hun voordeel, nu we weten dat deze vaccins tegen de huidige varianten vrij goed werken, en dat er voorlopig geen aanwijzingen zijn voor nefaste lange termijn immuniteit ; maar dat is dan ook in het voordeel van die mensen.

Maar alvorens gaan te pushen om mensen die maar weinig te winnen hebben bij vaccinatie, en misschien zelfs een beetje te verliezen hebben, maw, de jongeren, zou men toch eigenlijk eerst zeker moeten zijn dat dat maatschappelijk in de goeie, en niet in de slechte richting gaat. En dat vind ik eigenlijk niet evident om nu te zeggen.

Ik had eigenlijk liever gezien dat men nieuwe vaccins zou uitbrengen, aangepast aan de recentere varianten, om daar eventueel de jeugd mee te vaccineren als zij dat willen, eerder dan blijven voort te doen met dit meer en meer verouderd vaccin. Het zou de heterogeniteit van de bevolkings immuniteit bevorderen.

[Erw]

Tot pakweg 20 jaar geleden stelde ik me ook vragen waarom niet dit en niet dat werd gedaan, in plaats van wat wèl gedaan werd.
En zag ik de overheidslieden als ongemotiveerde, incompetente tot zelfs idiote lieden.
5 jaar later begon ik te beseffen dat de verklaring erger was: dat ze gewoon met opzet deden wat ze deden. Ik ben toen begonnen met me in hun plaats te stellen, en vanuit dat perspectief verklaringen (dat dan motieven geworden zijn) te zoeken.
Wel, dat maakte alles plotsklaps, op ontstellende verrassende/perplexe wijze, als een luik naar een stinkende put die opengegooid wordt, niet alleen véél gemakkelijker te verklaren, maar zelfs evident.

Laat ik dat nu in deze corona zaak eens doen.
STEL;
dat je een virus
MAXIMALE kans
wilt geven om
ZOLANG MOGELIJK
en
ZOVEEL MOGELIJK
de samenleving te doen teisteren,
WAT, GA JE DAN DOEN?
Het is een gegeven dat dodelijke virussen zichzelf even snel uitroeien als een troep wolven die alle schapen in één keer opvreet, om dan zelf de hongerdood te sterven.
En dat mensen die bang worden, die virussen nog minder kans tot verspreiden geven, koste wat het kost, op leven na natuurlijk (dus geen opofferende kamikaze verhalen haha).

Dus ALS je (BELANGRIJK - VANUIT NAZI PERSPECTIEF) zegt, laat het woekeren, dan weet je dat het verhaal een varken met een korte snuit zal zijn.
En DAT, vanuit nazi perspectief, is grote foei. Dat, moet met alle middelen worden voorkomen.

Dus wat doe je wèl, je creert optimale omstandigheden voor het virus, om ZO LANG mogelijk rond te waren. Want, dat virus is je excuus voor vrijheidsinperkingen, en met virus verdwijnt ook excuus.
Je hebt dan niks meer om mensen uit te leggen waarom hun vrijheid BLEEF ingeknot.
De "permanentie", het duizendjarig GrootDuitse Rijk.

Dus zelfs de gemakkelijke uitleg om geen nieuwe vaccins uit te brengen - vaccinproducenten hun zakken met andermans geld laten vullen, brengt de focus dan naar een bagatel, vergeleken met de hele plundering door overheid.
Zoals je enkele keren zei in de zaak Van Ranst: de zondebokstrategie. Offer 1 wolf aan,het geweer van de schaapsherder, om de kudde schapen te kunnen verorberen. De zondebokstrategie refereert personen, maar in de grond is het stellen van prioriteiten. 1 politicus is minder prioritair dan de partij als geheel. De gehele plundering door overheid is meer prioritair dan het het geplunder door haar farma aanhang.

Wel, dat is wat die "maatregelen" doen.
Die permanentie verzekeren, met in de zomer even door de tralies in het luikje mogen piepen.

[patrickve]

Er zit een subtiel effect in die simulatie die ik niet onmiddellijk door had.

Ik vroeg mij namelijk af hoe het eigenlijk kon, dat resultaat. Want je kan je afvragen wat ervoor zorgt dat het virus van niveau 20 dat in de "goeie immuniteit" dus voorkomt, weglaat in het geval van "slechte immuniteit" want elke besmettingsstap in het "goeie immuniteit geval" is minstens even waarschijnlijk in het "slechte immuniteit geval". Dus hoe komt het dat die evolutie en besmettingspaden afwezig zijn in het "slechte immuniteit geval" ?

En ik heb het gevonden, het komt doordat mensen met een mutant besmet, tijdens hun ziek zijn HERBESMET worden door een minder geevolueerd virus. In het geval van de slechte immuniteit woekert het oude virus zo hard, dat het die paar mensen die een mutant hebben, gewoon overwoekert en herinfecteert met een oud virus, zodat de mutant verdwijnt.

Dat is natuurlijk niet realistisch.

Ik heb dus nu de zaken veranderd: een besmetting treedt pas op als de persoon niet al ziek is. Dat is veel realistischer, want uiteindelijk zal een tweede besmetting nooit zo hevig woekeren als de eerste, dus zal het eerste virus dominant blijven.

En de mop is: het effect is nog steeds daar !

[patrickve]

Ik heb de code wat aangepast met de opmerkingen van eerdere posters, en ja, het draait sneller.

Hier is de nieuwe versie:

import numpy as np

import matplotlib.pyplot as plt

import random as rn



mutationrate = 0.005

naiveR = 2.5;

immuneR = 1.6;

previousR = 1.6;

previous2R = 1.6;

oldR = 2.0;

trials = 50.0;





class MyPatient:

    def __init__(self,time,virus):

        self.time = time

        self.virus = virus

        self.immune = 0



    def vaccinate(self,level):

        self.immune = level



    def evolve(self):

        if (self.time > 1):

            self.time -= 1

        elif (self.time <= 1):

            self.time = 0

            if (self.immune < self.virus):

                self.immune = self.virus

            self.virus = 0



    def contaminate(self,virus1):

        if (virus1 > 0):

            # virus mutation

            probi = rn.random()

            if (probi < mutationrate):

                virus = virus1 + 1

            else:

                virus = virus1

            probi = rn.random()

            if (self.immune == 0):

                # naive patient

                if (probi < naiveR/trials):

                    self.time = 10

                    self.virus = virus    

            elif (self.immune >= virus):

                if (probi < immuneR/trials):

                    # contamination even if immune

                    self.time = 10

                    self.virus = virus

            elif (self.immune == virus - 1):

                # cross immunity of previous virus

                if (probi < previousR / trials):

                    self.time = 10

                    self.virus = virus

            elif (self.immune == virus - 2):

                # cross immunity of previous previous virus

                if (probi < previous2R / trials):

                    self.time = 10

                    self.virus = virus

            else:

                # distant cross immunity

                if (probi < oldR / trials):

                    self.time = 10

                    self.virus = virus



nofpatients = 10000

noftime = 1000

nofcontacts = 10

nofillpatients = np.zeros([noftime,80])



patients = []

for patient in range(nofpatients):

    # generate initial ill or native patients

    probi = rn.random()

    if (probi < 0.01):

        patients.append(MyPatient(10,1))

    else:

        patients.append(MyPatient(0,0))

        

for time in range(noftime):

    # counting number of ill patients

    for p in patients:

        nofillpatients[time,p.virus] += 1

    

    # do contaminate others

    for p in patients:

        if (p.time < 6) and (p.time > 0):

            # after incubation time and ill, contaminate

            for k in range(nofcontacts):

                ct = rn.randint(0,nofpatients-1)

                q = patients[ct]

                if (q.time == 0):

                    # only contaminate non-ill patients

                    q.contaminate(p.virus)

    # evolve patients

    for p in patients:

        p.evolve()



allill = np.sum(nofillpatients[:,1:],1)

plt.imshow(nofillpatients[::20,:])

plt.show()

plt.plot(allill)

plt.show()

[Jay-P.]

[patrickve]

Iemand heeft iets gelijkaardigs gedaan.

https://www.medrxiv.org/content/10.1....07.21259916v1

Het is gewoon een totaal theoretische concept simulatie.
Die aantoont wat je intuitief al weet: vaccineren in het midden van een epidemie kan aanleiding geven tot vaccin-resistente varianten.

Misschien is dat nu exact wat we gaan veroorzaken, door in het midden van de delta epidemie bij de jeugd, die jeugd tot vaccinatie te dwingen, waarbij de piek van die epidemie die te verwachten is binnen 4 of 5 weken, gaat samenvallen met de maximale selectieve druk van toenemende immuniteit van vers gevaccineerde jongeren.

Het zou bijzonder grappig zijn mocht dat plaatsvinden, en we door de jeugd-vaccinatie woede uiteindelijk de vaccins in september waardeloos gaan gemaakt hebben voor iedereen.

Wat ze in dat paper tonen is dat men eigenlijk eerst met lockdowns en zo de epidemie moet omlaag halen VOOR men aan een vaccinatie campagne begint. Dat heeft waarschijnlijk geen effect gehad bij de huidige campagne omdat men vooral ouderen heeft gevaccineerd die zelf geen grote "doorgevers" zijn en de virussen destijds veel minder ontsnapten aan het vaccin.

Als we dat nu gaan doen bij jonge mensen die volop doorgeven met een variant die al half ontsnapt, is de kans veel groter dat we de hoofdvogel afschieten.

[Hoofdstraat]

Oorspronkelijk geplaatst door patrickve

Iemand heeft iets gelijkaardigs gedaan.

https://www.medrxiv.org/content/10.1....07.21259916v1

Het is gewoon een totaal theoretische concept simulatie.
Die aantoont wat je intuitief al weet: vaccineren in het midden van een epidemie kan aanleiding geven tot vaccin-resistente varianten.

Misschien is dat nu exact wat we gaan veroorzaken, door in het midden van de delta epidemie bij de jeugd, die jeugd tot vaccinatie te dwingen, waarbij de piek van die epidemie die te verwachten is binnen 4 of 5 weken, gaat samenvallen met de maximale selectieve druk van toenemende immuniteit van vers gevaccineerde jongeren.

Het zou bijzonder grappig zijn mocht dat plaatsvinden, en we door de jeugd-vaccinatie woede uiteindelijk de vaccins in september waardeloos gaan gemaakt hebben voor iedereen.

Wat ze in dat paper tonen is dat men eigenlijk eerst met lockdowns en zo de epidemie moet omlaag halen VOOR men aan een vaccinatie campagne begint. Dat heeft waarschijnlijk geen effect gehad bij de huidige campagne omdat men vooral ouderen heeft gevaccineerd die zelf geen grote "doorgevers" zijn en de virussen destijds veel minder ontsnapten aan het vaccin.

Als we dat nu gaan doen bij jonge mensen die volop doorgeven met een variant die al half ontsnapt, is de kans veel groter dat we de hoofdvogel afschieten.

Dat zijn zaken die we al lang weten, hoe meer je vaccineerd hoe vlugger het virus resistent zal worden. Met daarbij nog het bijkomende gevaar dat het virus dodelijker wordt, dat is ook al bewezen zelfs.

Oplossing in de veeteelt is ophokken en 100% vaccineren, net wat ze met ons willen doen.

[Jan Janssen]

Oorspronkelijk geplaatst door patrickve

Iemand heeft iets gelijkaardigs gedaan.

https://www.medrxiv.org/content/10.1....07.21259916v1

Het is gewoon een totaal theoretische concept simulatie.
Die aantoont wat je intuitief al weet: vaccineren in het midden van een epidemie kan aanleiding geven tot vaccin-resistente varianten.

Misschien is dat nu exact wat we gaan veroorzaken, door in het midden van de delta epidemie bij de jeugd, die jeugd tot vaccinatie te dwingen, waarbij de piek van die epidemie die te verwachten is binnen 4 of 5 weken, gaat samenvallen met de maximale selectieve druk van toenemende immuniteit van vers gevaccineerde jongeren.

Het zou bijzonder grappig zijn mocht dat plaatsvinden, en we door de jeugd-vaccinatie woede uiteindelijk de vaccins in september waardeloos gaan gemaakt hebben voor iedereen.

Wat ze in dat paper tonen is dat men eigenlijk eerst met lockdowns en zo de epidemie moet omlaag halen VOOR men aan een vaccinatie campagne begint. Dat heeft waarschijnlijk geen effect gehad bij de huidige campagne omdat men vooral ouderen heeft gevaccineerd die zelf geen grote "doorgevers" zijn en de virussen destijds veel minder ontsnapten aan het vaccin.

Als we dat nu gaan doen bij jonge mensen die volop doorgeven met een variant die al half ontsnapt, is de kans veel groter dat we de hoofdvogel afschieten.

Het kon dan ook geen toeval zijn dat juist al die varianten ontstaan zijn waar ze begonnen zijn met de vaccinaties te testen.

[patrickve]

Oorspronkelijk geplaatst door Jan Janssen

Het kon dan ook geen toeval zijn dat juist al die varianten ontstaan zijn waar ze begonnen zijn met de vaccinaties te testen.

Ik blijf daar moeite mee hebben hoor, want dan zouden we gigantisch veel nieuwe varianten moeten gehad hebben in Europa en zo waar men traag maar zeker is gaan vaccineren. Het zou een beetje raar zijn dat je 3 of 4 pertinente varianten laat tevoorschijn toveren waar je 30 000 mensen vaccineert, maar dat je er geen tientallen ontwikkelt waar je tientallen miljoenen mensen vaccineert. Nee, de eerste varianten zijn ontstaan door natuurlijke immuniteit, want zoniet zouden we nu honderden of duizenden "variants of concern" REEDS GEHAD HEBBEN.

De P1 variant is vorige zomer (onze zomer, hun winter) in Brazilie ontstaan, en die woekerde daar al goed tegen dat het bij ons winter werd. Als dat van die paar duizend gevaccineerden kwam, dan moeten wij honderden zulke varianten hebben doen ontstaan tijdens onze vaccinaties in januari en zo he.

Die zijn er niet: onze "golven" komen van buitenlandse bronnen (behalve de Britse) voor een groot stuk.

[patrickve]

Maar goed, ik ben dus van gedacht veranderd, en ben nu dus voorstander voor totale vaccinatie van de bevolking. Want ik vind dit experiment te plezant. Het heeft twee uitkomsten, en beide komen mij goed uit alles bij elkaar:

1) oftewel lukt het toch, en stoppen we daar redelijk definitief de corona zever mee. Dat is niet uitgesloten. Dat is zelfs mogelijk. Ik denk dat het riskant is, maar als men dan wil dat ik toegeef dat ik mis was, wil ik dat wel zeggen, op voorwaarde dat we al die lulkoek van passen en maatregelen definitief opbergen. De totale vaccinatie heeft het dan, tegen mijn eigen verwachtingen in, gered, en ik leer bij.

2) oftewel is het het mogelijke ramp scenario, worden de vaccins totaal nutteloos, en dat komt mij ook goed uit - niet voor mijn gezondheid, maar wel voor der Untergang die daarop volgt. Het zou grappig zijn dat er in oktober een virus rondgaat, gekweekt door het vaccineren van de jeugd, die totaal door het vaccin breekt, en alle ouwe peekes weer afmaakt. Ik zou de smoel van de virologen eens willen zien.

Het kan ook tussen de twee in zitten, met andere woorden, de jeugd vaccineren heeft geen enkel fundamenteel effect, het blijft golven, maar er zijn minder zware zieken en doden omdat het vaccin daar nog tegen beschermt.